Au cœur de la gigantesque Tokyo, ville de la Terre, dort malgré l'agitation extérieure une femme, grande, blonde et belle… Son nom est Yayoi Yukino. Elle dort à points fermés quand son téléphone sonne, il s'agit du professeur Amamori, il s'inquiète, Yukino n'est pas venue travailler et la planète RÂMETAL se rapproche comme tous les milles ans. Yukino se lève et entre dans une pièce toute automatisée qui dépareille complètement avec le reste de l'appartement. Elle se place sur un socle et son peignoir se transforme alors en vêtement de reine. Un hologramme apparaît… Il se plaint du froid et du printemps qui vient, RÂMETAL s'approche. L'hologramme annonce à Yukino, en fait reine Millenium, que son règne de mille ans se termine et qu'elle devra bientôt revenir sur sa planète, faire place à une nouvelle reine, qu'elle doit abandonner sa vie pour revenir s'emprisonner dans la glace… L'hologramme disparaît et la reine reprend ses anciens vêtements. Elle sort, regarde par l'imposante fenêtre de son appartement et s'attriste de devoir quitter ce monde qu'elle aime.



Soudain, son jeune élève Hajime Amamori, neveu du professeur Amamori, surgit ; il s'était caché sur le toit de l'immeuble pour mieux la surprendre… Elle l'invite à l'intérieur, Hajime semble heureux car il a déjà lavé les vitres de deux immeubles, et il a acheté un microscope. Il s'assit pour boire la tasse que lui a servi son institutrice et tout semble aller pour le mieux jusqu'à ce que Yukino lui annonce qu'il a encore eu une mauvaise note. La sonnette de la porte retentit alors, Hajime s'en va et une femme brune entre. Elle discute avec Yukino des événements à venir. Yukino s'en va prendre sa douche tout en fournissant des explications à celle qui se révèle être sa sœur, Selene…Une fois au courant, Selene part et s'arrête à peine pour entendre sa sœur lui souhaiter bonne chance…Yukino finit de se rhabiller et trouve une sorte de petite boite où elle peut voir une vidéo de son bien aimé. Yukino se jure que le court primate de RÂMETAL, si elle est contrainte de le passer sur sa planète, c'est avec lui qu'elle le passera. Elle prend alors une voiture et se rappelle sa mission, protéger les hommes car elle est Prométhium, la reine des milles ans.

Elle se rend à l'observatoire de Tsukuba…
Yukino s'excuse de son retard et commence son travail. Elle apprend alors que RÂMETAL va entrer en collision avec la Terre dans 180 jours, et vu sa taille, la Terre sera totalement détruite. Soudain, le téléphone sonne ; le professeur Amamori apprend que l'usine de son frère a été frappée par une explosion d'anti-matière. Hajime est a l'hôpital, il est indemne mais ses parents sont tous deux décédés . Yukiko s'y rend rapidement mais le jeune garçon s'est éclipsé. Elle se souvient alors de la sortie scolaire qui était prévue au musée de la guerre el le retrouve là bas… De retour au Labo, Hajime est bien déterminé à sauver la Terre. Pendant ce temps, RÂMETAL se rapproche du soleil et La température remonte, la planète s'éveille doucement pour ce court printemps… A l'intérieur d'un bâtiment se réveille également Rarela, la reine de RÂMETAL et le chef des armées Fara, bien aimé de Yukino. Sur terre, Amamori et Hajime font des recherches sur RÂMETAL. ils apprennent l'existence de la reine des milles ans mais ignore toujours qui elle est.



Yukino qui est avec Daisuke Yamori, Capitaine de sa garde, souffre à l'idée de devoir abandonner une planète qu'elle aime et qui va disparaître. Yamori ne supportant pas de la voir triste et qui est secrètement amoureux d'elle décide de l'embrasser, il est repoussé et s'en va… Yukino se rend dans une salle. L'hologramme de son bien aimé Fara apparaît ; il confirme la fin de la Terre et s'apprête à demander quelque chose quand des astéroïdes frappent le sol terrien. Ils proviennent de la ceinture d'astéroïdes de RÂMETAL.

Hajime qui est a l'observatoire décide d'aller voir Yukino malgré les pluies d'astéroïdes. Il traverse les rues évitant les chutes et les trous et finalement arrive dans l'immeuble de Yukino. Il monte l'escalier et gravit les nombreux étages quand l'immeuble est frappé à son tour. Hajime continue tout de même son ascension malgré le risque d'une chute et arrive finalement sur le pallier où se trouve l'appartement de son professeur. Il frappe à la porte… Pas de réponse… Hajime rentre et découvre l'appartement complètement détruit…L'immeuble n'est plus que ruines, mais Hajime trouve par terre la vidéo de Fara. Il monte un étage et se retrouve face à une vieille femme qui l'emmène dans une étrange bulle. Au cœur de l'immeuble se trouve un gigantesque ascenseur qui emmène Hajime dans le monde souterrain de la reine des milles ans. Hajime toujours avec la vieille femme prend un bateau et suit une rivière pour finalement arriver dans une base futuriste où ils sont accueillis par un hologramme vert fluorescent, Mirai, la gardienne du cimetière sacré. La vieille femme part alors. Mirai annonce à Hajime que la reine l'attend. Il traverse un couloir bordé de feux étranges et de sculptures de cadavres, et derrière ces flammes, on peut distinguer les anciennes reines millénaires qui ont gouverné la Terre des dizaines de siècles…



Enfin, Hajime arrive devant un escalier qui se colore de bleu, La porte s'ouvre et il entend la reine l'appeler. Il monte l'escalier et se retrouve dans la salle du trône, La reine se lève alors… Hajime la supplie de lui donner une façon de sauver la Terre. La reine lui répond que c'est impossible et s'avance. Ils passent tous les deux dans la salle suivante, où l'on peut voir les météorites se diriger vers la Terre endommageant les vaisseaux terriens. Prométhium explique que l'arche de Noé serait l'endroit où ils se trouvent actuellement et que Noé serait de RÂMETAL. Hajime regarde plus bas et voit son oncle emmené par Yamori, il court le voir et lui parle un court instant, Prométhium arrive alors et Hajime lui rend la vidéo… RÂMETAL, quant à elle, continue son approche. A sa surface, la vie à reprit. Fara, a été appelé par la reine Rarela, au cœur du Palais Royal. Il se retrouve dans une salle devant une grande sphère, il s'agenouille et La reine apparaît. Il s'agit d'une enfant toute dorée portant une auréole ; elle lui demande un rapport. Fara lui annonce que les hommes ont commencé à évacuer la Terre ; la reine rit des hommes qu'elle considère comme des primates sous évolués et dévoile son projet ; faire en sorte que le printemps de RÂMETAL dure l'éternité, même si pour cela Fara doit renoncer à son amour. Au Quartier Général, tout semble prêt pour la fin… Sur Terre, on s'aperçoit que RÂMETAL a changé d'orbite. La reine Prométhium observe Hajime ; elle voudrait sauver la terre pour lui. Selene arrive alors, elle parle à sa sœur et Yukino lui explique que c'est de sa faute si les parents de Hajime sont morts. Selene fait remarquer le changement d'orbite de la planète en approche… C'est désormais un plan d'invasion qu'a mis en œuvre RÂMETAL.