Tetsuro :
Le jeune Tetsurô Hoshino, orphelin comme tant d'autres enfants sur Terre, tente de survivre comme il peut dans les bas fonds de la gigantesque Megalopolis. Tetsurô ne rêve que de vengeance, sa mère ayant été tuée comme une bête au cours d'une chasse à l'homme organisée par le Comte Mécanique. Son objectif : pouvoir embarquer à bord du triple neuf, au terminus duquel il obtiendra gratuitement un corps mécanique et pourra mettre en œuvre sa vengeance.

Maetel :
Mystérieuse voyageuse vêtue de noir, Maetel va offrir au jeune Tetsurô un billet qui lui permettra d'embarquer à bord du Galaxy Express 999. Seule condition préalable, lui accorder la permission de pouvoir l'accompagner tout au long de son périple. Derrière ses apparences d'élégante jeune fille, elle cache un pesant secret qui ne sera révélé qu'à l'issue du voyage.

Cléa :
Cléa est une jolie serveuse de cristal qui officie à bord du Galaxy Express 999. Malgré la perfection de son corps laborieusement obtenu par ses parents, elle travaille ardemment dans le but de pouvoir racheter un jour son enveloppe charnelle. Elle va rapidement sympathiser avec Tetsurô qui ne semble pas insensible à son charme.

Tochirô :
Grand ami d'Harlock et concepteur de l'Arcadia, Tochirô vit maintenant sur Heavy Melder, dans l'épave de son ancien vaisseau, l'Ombre de la Mort, avec son oiseau Torisan. Gravement malade, il demandera à Tetsurô de lui apporter une aide particulière.

Captain Harlock :
Harlock est un pirate qui sillonne l'espace à bord de son vaisseau, l'Arcadia. Il représente pour Tetsurô et la population miséreuse de Mégalopolis un idéal quasi-inaccessible, celui de la liberté car Harlock mène avant tout un combat pour vivre libre sous son drapeau. A plusieurs reprise, il aura l'occasion de croiser la route du jeune Hoshino.

Emeraldas :
Tout comme Harlock, Emeraldas est une pirate qui se bat sous la bannière de la liberté. Elle ère à travers l'espace infini à la recherche de son amant, Tochirô, parti s'exiler pour une obscure raison. Emeraldas entretient de mystérieux rapports avec Maetel et leur complicité ne semble pas fortuite. Elle aura elle aussi l'occasion de croiser le chemin de Tetsurô.

Antares :
Antares est un vieux boucanier qui veille sur les malheureux orphelins de la planète Titan, victimes des activités du Comte Mécanique. Il tentera d'aider Tetsurô à appréhender la vraie nature de Maetel et jouera un rôle clef dans l'accomplissement de la vengeance du jeune garçon.

Le Comte Mécanique :
Chasseur sanguinaire, le Comte mécanique n'a pas de pitié envers les êtres vivants et notamment les êtres humains. C'est d'ailleurs au cours d'une chasse à l'homme qu'il a abattu froidement la mère de Tetsurô. Il vit dans le Château du temps, un lieu difficilement accessible pour ses ennemis.

Le contrôleur :
Personnage emblématique du Galaxy Express 999, le contrôleur veille sur le confort des passagers et les avertit assidûment à l'approche de chaque arrêt. On ne distingue pas son visage, caché en grande partie par son manteau et sa casquette.

Shadow :
Shadow est la gardienne du cimetière de glace de Pluton abritant les enveloppes charnelles des personnes qui ont choisi de vivre avec un corps mécanique. Elle s'est défaite de son corps humain mais n'a pas réussi à se faire à sa nouvelle condition ; aussi a-t-elle opté pour un visage dépourvu d'expression, sans yeux ni bouche.

Promethium :
Promethium est la reine de l'empire mécanique qui s'étend aux quatre coins de l'univers. Elle pousse la mécanisation des êtres vivants à son paroxysme pour asseoir fermement son pouvoir. Personnage sombre, son passé et ses motivations restent un mystère.

Luz :
Jolie jeune femme, Luz est une chanteuse de cabaret que Tetsurô aura l'occasion de croiser sur la planète Heavy Melder. Il émane des chansons qu'elle interprète une mélancolie particulière qui laisse supposer qu'elle regrette une partie de son passé.

Autant de personnages qui rendent le parcours initiatique de Tetsurô des plus remuants. Il comprendra que devenir un androïde ne résout rien en soi. Son but d’enfant, qui n’est rien d’autre que le rêve de ses parents, mais également de millions d’êtres humains sur Terre, est une abomination.

Garder son corps de chair et d’os, souffrir, aimer fait partie de la vie d’un homme. Se priver de cette vie, même éphémère, c’est en oublier les subtils plaisirs. L’immortalité n’est qu’une illusion. Une fois le Comte Mécanique mort et le Château du Temps détruit, Tetsurô est décidé à aller au bout de son voyage pour détruire la planète d’Andromède d’où viennent les hommes mécaniques.